バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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AnnotationHub によるR/Bioconductorアノテーションパッケージの公開ガイドライン @ Bio”Pack”athon2021#3
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AnnotationHub によるR/Bioconductorアノテーションパッケージの公開ガイドライン @ Bio”Pack”athon2021#3
本日の統合TVは、2021年3月10日に開催された、Bio”Pack”athon2021#3の露崎 弘毅 氏による 「AnnotationHubによる R/Bioconductorアノテーションパッケージの公開ガイドライン」をお送りします。
本講習では、R/Bioconductorでの最新のアノテーションパッケージの公開の仕方を紹介しています。
R言語で作成したライフサイエンス系のパッケージの登録先であるBioconductorでは、データの提供を個別のアノテーションパッケージの配布から、AnnotationHubというクラウドサーバに置いておき、必要なときにのみデータを取りに行くスタイルに変更しようとしています。
今後データをBioconductorに登録する人は、本講習で新しいスタイルのアノテーションパッケージの公開ノウハウをおさえておくことをお勧めいたします。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
- ・BioC Asia 2021への準備と誘致
見どころダイジェスト
- 00:29 1. AnnotationHubとは
- 06:00 2. AnnotationHubに関わるパッケージ
- 09:45 3. ExperimentHubとの違い
- 11:28 4. AHub化ガイドライン
- 11:46 5. AHub化①リモートサーバに置くデータを用意
- 14:39 6. AHub化②Core Teamに連絡して、AWS S3 Buckets へのアクセス方法を教わる
- 15:32 7. AHub化③リモートサーバにデータを置く
- 17:48 8. AHub化④メタデータを格納した空パッケージを作成
- 24:12 9. AHub化⑤Bioconductor/Contributionsで 空パッケージの審査を受ける
- 25:57 10. AHub化⑥アクセプト後もデータ更新を続ける
- 27:18 11. （実例）MeSH ORA FrameworkとCCI Framework のAHub化
- 30:39 12. 特にあいまいだった箇所「データ形式、クラスの設定」
- 36:34 13. AHub化によるメリット
- 37:31 14. AHubのいまいちなところ
- 41:38 15. Bio”Pack”athon発のAHub型パッケージ
- 43:05 16. 質問タイム
動画ファイルのダウンロード
210522_AnnotationHub.mov