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TIDE を使ってゲノム編集で生じたIndelを解析する
TIDE: Tracking of Indels by DEcomposition は、CRISPR/Cas9、TALEN、ZFNなどのゲノム編集ツールによって生成された細胞集団内の小さな挿入欠失（Indel）の種類と頻度を推定する方法です (原著論文: Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition)。Netherlands Cancer Instituteのvan Steensel labが開発し、Rコード版とウェブツール版が提供されています。今回は、ウェブツール版を使って、ゲノム編集で生じたIndelを解析する方法について紹介します。サンプルデータとして、以下の論文中のデータを使用しています。(Genome-wide microhomologies enable precise template-free editing of biologically relevant deletion mutations)
見どころダイジェスト
- 00:09 1. TIDEの紹介
- 00:25 2. TIDEに使うシーケンスサンプルについて
- 01:12 3. TIDEに必要な情報を入力する
- 03:06 4. Indel Spectrumの解説
- 03:45 5. Aberrant sequence plotの解説
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210423_TIDE.mov