NCBI BLAST+ を使って自分のコンピュータでBLAST検索をする ~実行編 (MacOS版)~

NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。現在、さまざまなデータベースに対してウェブブラウザ経由でBLAST検索を実行することができます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量のクエリには制限があったり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。
NCBIはBLAST+と呼ばれるBLASTを実行するためのコマンドラインツールを提供しています(Local BLASTとも呼ばれます)。これにより、サイズ、ボリューム、データベースの制限を受けることなく、自分のコンピュータ上でBLAST検索を実行することができます。今回の統合TVは、「NCBI BLAST+ を使って 自分のコンピュータでBLAST検索をする
〜導入・準備編 (MacOS版)〜」の続編として、自分のコンピュータ(MacOS) でBLAST検索を実行する方法として、シーケンスデータの取得からコマンドライン上での操作方法、便利なオプションなどについて紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:14 1. サンプルシーケンスのダウンロード
  • 00:29 2. E.coliの16s rRNA配列の取得
  • 01:24 3. Bacillus cereus の16s rRNA配列の取得
  • 02:30 4. ターミナルでのコマンド操作
  • 02:54 5. blastの実行
  • 05:45 6. blastのオプション

動画ファイルのダウンロード

210220_BLAST+_execution.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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