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植物ゲノムポータルサイト・Plant GARDENの使い方 @ AJACSオンライン2
本日の統合TVは、2020年10月14日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン2から、かずさDNA研究所 植物ゲノム・遺伝学研究室 磯部 祥子 氏 による「植物ゲノムポータルサイト・Plant GARDENの使い方」をお送りします。約50分です。なお、オンライン配信時の機材不調により講師の映像と音ズレが発生していますが、進行には問題ありません。
本講演では、主に植物のゲノムや遺伝子配列、マーカー情報の検索や取得ができるようになることを目標に、100を超える植物ゲノム情報が格納されている植物ゲノムポータルサイト・Plant GARDEN（ Genome And Resource Database ENtry ）の使い方を紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講演では、主に植物のゲノムや遺伝子配列、マーカー情報の検索や取得ができるようになることを目標に、100を超える植物ゲノム情報が格納されている植物ゲノムポータルサイト・Plant GARDEN（ Genome And Resource Database ENtry ）の使い方を紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
見どころダイジェスト
- 00:33 1. Plant GARDENの概要
- 02:46 2. Topページの構成と方針
- 04:46 3. Plant GARDENに格納されているコンテンツテーブル(2020年10月現在)
- 07:11 4. 植物種から探す方法の紹介(生物種別の検索)
- 07:33 4-1.全植物種リスト
- 10:35 4-2.植物種別ページの構成とコンテンツの説明
- 12:30 4-3.ゲノム配列情報における変種・亜種(作物分類)の取り扱い
- 13:38 4-4.アセンブルされたゲノム配列の詳細ページ
- 17:21 4-5.アセンブルされた配列情報のリストとSNP検出に用いられたSRA配列のリスト
- 18:26 4-6.遺伝子のキーワード検索
- 22:00 4-7.遺伝子の詳細ページ
- 26:35 4-8.遺伝子の機能からの検索(GO, KOのtermを利用した検索)
- 27:30 4-9.DNAマーカー情報の検索
- 28:35 4-10.DNAマーカーの詳細ページ
- 29:38 4-11.形質と連関するマーカー情報の検索
- 31:33 4-12.形質リストページからのマーカー詳細ページ表示
- 32:16 4-13.形質情報の詳細ページ
- 32:45 4-14.BLAST検索
- 33:27 4-15.SNPs(Indelsを含む)の検索
- 35:55 5. Topページからの検索機能(生物種・ゲノム横断的な検索)
- 36:07 5-1.Topページ上部の検索ウィンドウを利用したキーワード検索
- 37:22 5-2.Topページ「他の方法でさがす」の機能を利用したキーワード検索
- 38:00 5-3.Topページ「他の方法でさがす」の機能を利用したBLAST検索
- 38:40 5-4.Plant GARDENコンテンツの検索(データ種別リストの表示)
- 40:18 5-5.マーカー・形質リストの表示
- 41:08 5-6.JBrowseでのゲノム別データ登録情報の確認方法
- 41:45 5-7.JBrowseの表示例(vcfファイルとgvcfファイルの比較によるSNPと近傍の遺伝子の表示)
- 42:30 5-8.JBrowse上のSNP表示(各SNPの精度など詳細情報の表示方法)
- 43:04 6.解析ツール
- 44:04 6-1.SNP検出パイプライン
- 47:00 7.ユーザーの皆様へのお願い
動画ファイルのダウンロード
201127_AJACSonline2_03_isobe.mov