MaxQuant は、マックス・プランク研究所 (Max Planck Institute of Biochemistry (MPIB))が開発しているプロテオミクス解析用ソフトウェアで、LC-MS/MS測定で得られた生データからペプチドやタンパク質同定一覧を得ることができます。大規模な質量分析データセットを分析するために設計されており、特に高分解能MSデータを対象としています。ラベルフリーの定量と同様にいくつかのラベリング技術がサポートされています。 今回はjPOSTから取得した「マウス培養細胞の分泌タンパク質プロテオームのデータ (JPST000403)」を例に、抗ウイルス物質刺激の有無の比較解析をしながら、MaxQuantの使い方を紹介します。 動画の最後に説明しているMaxQuantのYouTubeチャンネル (サマースクールの様子)とMaxQuantのGoogle Groups (メンバー登録が必要)もあわせてご覧ください。
MaxQuant1.6.17.0を利用されている方へ（2020年12月2日現在） 「開始」を押した際に「Error：.NET Core2.1 needs to be installed. Please visit https://・・・」が出た場合の対処方法 1．「やめる」で検索を停止します。 2．「グローバルパラメータ」→「Advanced」→下にある「Use .NET Core」の✓を外します。 3．もう一度「開始」をクリックします。 4．次回以降は最初から✓を外すとエラーが起きずに検索が開始されます。