UCSC Xenaは、The Cancer Genome Atlas (TCGA)やThe NCI's Genomic Data Commons (GDC)などに代表される大規模な公開がんゲノムデータセットをウェブブラウザ上で視覚化し解析することができるツールです(原著論文(プレプリント): The UCSC Xena platform for public and private cancer genomics data visualization and interpretation)。
各プロジェクトで集約された、さまざまな組織におけるSNV、INDEL、大規模構造バリアント、CNV、遺伝子発現、DNAメチル化、ATAC-seq(網羅的オープンクロマチン領域解析)、表現型などのデータを自由に組み合わせて解析することができます。これらのデータの可視化のために、分類別にカラーリングされた独自のスプレッドシート型のビューアが用意されており、そこで各種統計解析や発現解析、Kaplan Meierプロットによる生存時間解析(Survival anaysis)、多型解析などが実行できるようになっています。