MicrobeDB.jpは国立遺伝学研究所 黒川研究室・ゲノム進化研究室を中心に開発されている、「遺伝子」「系統」「環境」の3つを軸とした微生物学のデータを統合し作成したデータベースです。様々なデータを統合化するにあたって、データ間のメタデータ(生息環境、表現型等)の意味合いの差異などを作成者らで整理し情報を統合しています。MicrobeDB.jpではDRA/ERA/SRAに登録されているメタゲノムの配列データを再解析することでデータにアノテーションをして公開しています。