GSEA softwareは米国Broad Instituteによって提供されているGSEAを行うソフトウェアです。Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用してさまざまな発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。今回は、GSEA softwareのGUI版の導入と設定方法の解説とともにデモデータを用いた簡単な解析を行いながら、GSEA softwareで何ができるかを示します。