Bgee (a dataBase for Gene Expression Evolution: ビージーと発音します) は、SIB Swiss Institute of Bioinformatics/ローザンヌ大学の Robinson-Rechavi Group - Evolutionary Bioinformaticsが提供するデータベースで、これはRNA-seqやマイクロアレイなどから得られた遺伝子発現パターンについて、多くの生物種間で比較することができます。Bgee で提供されているのは、正常・健康な状態の臓器や組織サンプルを測定した遺伝子発現データです。さらに、Bgee では測定サンプルを解剖学的分類(Uberon)によって独自に整理しており、遺伝子のオーソログや組織・臓器のホモロジー情報を得ることができます。これによって、異なる生物種間における組織特異的な遺伝子発現パターンを調べることができます。
今回は、Bgeeの使い方について、エンリッチメント解析、遺伝子検索、データダウンロード機能を軸に紹介します。