NCBI BioProject を使って研究プロジェクトに紐付いたデータを横断的に検索する 2018

NCBI BioProject は以前のNCBI Genome Projectデータベースを大幅に拡張したもので、ゲノム解読プロジェクトだけでなく、研究プロジェクトと INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration)が運営するデータベースに存在するデータを管理しています。BioProject によりプロジェクトの種類や特徴といった項目でデータベースを横断してデータを検索することができます。最近インターフェースが新しく更新され、様々な属性で研究プロジェクトをフィルタリングすることが容易になり、興味のあるデータベースを素早く選択できるようになりました。
今回は、BioProject を使って、
  1. 研究プロジェクトを検索する
  2. 特定の生物種に関する研究プロジェクトを俯瞰する
  3. それぞれの研究プロジェクトを見る
ためのそれぞれの方法について紹介します。
DDBJが提供しているBioProject Handbookでは、さらに詳細に解説されているのでこちらも併せてご参照ください。

見どころダイジェスト

  • 00:35 1. 研究プロジェクトを検索する
  • 02:45 2. 特定の生物種に関する研究プロジェクトを俯瞰する
  • 04:23 3. それぞれの研究プロジェクトを見る:Primary submission
  • 05:49 4. それぞれの研究プロジェクトを見る:Umbrella project

動画ファイルのダウンロード

180718_BioProject.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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