生命科学研究のためのGitHubの使い方 基本編

GitHubは、"Git"というプロジェクトの改訂履歴を管理し保存するバージョン管理システムを利用するためのハブ(Hub)がその名の由来で、コンピュータプログラムやソースコードの公開・共有・管理に利用されているウェブサービスです。
一方で、コンピュータプログラムに限らず、Word文書や画像など、どんな種類のドキュメントでも、すべての段階の草案やアップデート履歴を保存し管理することができます。GitHubは、グラフィカルなユーザインタフェースを提供しており、コマンドラインを使わずにウェブサイト上で様々な作業をすることができます。また、アクセス制御機能や、タスク管理機能など、コラボレーションのための機能を多く備えているのが特長です。
生命科学分野においてもGitHubは、バイオインフォマティクスを中心に利用が進んでいます。(例: NCBIのGitHub) 生命科学分野の解析ツールやデータベースの多くは、GitHub上でソースコードが共有されており、世界中の研究者が開発に参加することができます。2014年、西アフリカでエボラ出血熱が流行した際にその疫学データがGitHub上で共有され、世界中の研究者がそのデータ解析に貢献した例が注目を浴びました。(doi:10.1038/538127a, Democratic databases: science on GitHub)
今回の動画では、GitHubの使い方の基本編として、下記の内容を紹介します。
  1. GitHub のアカウントを作成する
  2. リポジトリを作成し、手元のファイルをアップロードする
  3. ファイルを編集し、変更履歴を確認する
  4. ブランチを作成する
  5. ファイルをダウンロードする
  6. プルリクエストを送信し、マージする

見どころダイジェスト

  • 00:11 1. GitHub の紹介
  • 00:53 2. アカウントを作成する
  • 01:51 3. リポジトリを作成する
  • 02:50 4. コミットする
  • 04:23 5. ブランチを作成する
  • 05:23 6. ファイルをダウンロードする
  • 05:39 7. プルリクエストを送信し、マージする

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180621_GitHub_basic.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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