depmapを使ってがん細胞が依存する遺伝子の情報を調べる (がんの治療標的となる遺伝子を発見する)

depmap (the Cancer Dependency Map) は、米国ブロード研究所(Broad Institute)英国サンガー研究所 (Wellcome Sanger Institute)が中心となって提供する、がん細胞の持っている遺伝子変異や発現量変化などの特徴と、がんが生存し成長するために依存している遺伝子の情報を関連付け、治療の標的を発見するのを助け治療法の開発を促すことを目的としたデータベースです (原著論文: "Defining a Cancer Dependency Map" DOI: 10.1016/j.cell.2017.06.010)。500 以上の細胞株について、遺伝子依存やオミクスデータ、薬剤感受性のデータがまとめられています。 今回は、がん原遺伝子として知られているBRAF (B-Raf proto-oncogene, serine/threonine kinase)を例に、depmapの基本的な使い方からdepmapに収載されているさまざまなデータの見方について紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:33 1. 遺伝子名で検索しその遺伝子に依存する細胞株を調べる
  • 04:14 2. 目的の組織由来の細胞株が依存する遺伝子を調べる
  • 04:41 3. 薬剤名で検索しその薬剤への細胞株の感受性を調べる
  • 05:49 4. depmap に登録されている数値データの関係をプロットする

動画ファイルのダウンロード

180531_depmap.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

スキル別コースから探す

    新着動画

      視聴ランキング

        新着イラスト