Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化＆解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。
この動画では、Cytoscapeアプリケーションの一つ「MCODE」を使って、タンパク質間相互作用ネットワークからタンパク質複合体を発見する方法についてサンプルデータセットを使いながら紹介します。
「Cytoscape の使い方 〜インストール・基本操作編〜」ではCytoscapeの導入方法と基本的な使い方を説明しています。
Cytoscapeの使い方およびstringAppを使ったデータ解析・可視化の資料として過去のAJACS講習会で使われた講義資料PDFもご参考ください。