GWAS Catalog を使って、GWASで見つかった形質と多型の関連について検索する

GWAS Catalog は、アメリカ国立ヒトゲノム研究所 (National Human Genome Research Institute (NHGRI))欧州バイオインフォマティクス研究所 (European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)) が共同で運営する、 全ゲノム関連解析 (Genome-Wide Association Study (GWAS)) のデータを集積したデータベースです。
GWAS Catalogでは、公開された GWAS の論文から、キュレーターが手動でジェノタイプとフェノタイプの関連を入力し、蓄積したデータを自由に利用可能な情報源として提供しています。それらの情報は、病名などの形質名や、遺伝子名、SNP の ID などで簡単に検索することができます。今回は、その基本的な使い方や図表の見方などについて紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:39 1. 検索結果の Studies のテーブルの見方
  • 02:14 2. Associations のテーブルの見方
  • 03:33 3. Catalog traits のテーブルの見方
  • 04:41 4. SNP を染色体上に配置した図で見る

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180402_gwas_catalog.mov

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