The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所) と National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、変異情報などのデータを集約し、公開しています。
今回は、GDC (Genomic Data Commons) Data portal を使って、収載データを解析する方法について、「Set Operations」 で遺伝子リストの重なりを調べたり、「Cohort Comparison」 で患者リストの生存曲線を比較する方法について説明します。