UCSC Genome Browser を使って様々な組織、細胞における遺伝子発現データをゲノムブラウザで表示する

UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、GTExおよびHuman Cellular MicroRNAome プロジェクト で得られた組織や細胞における発現データを、ゲノムブラウザ上で表示する方法について紹介します。
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

見どころダイジェスト

  • 01:04 1. GTEx のトラックで組織ごとの遺伝子発現量を表示する
  • 02:25 2. 発現情報をグラフに表示する組織を選択する
  • 03:16 3. Human cellular microRNAome のトラックで細胞ごとの microRNA の発現量を表示する

動画ファイルのダウンロード

171116_UCSC_GTEx.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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