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次世代シーケンサー（NGS）データ活用の基礎 @ AJACS河内
本日の統合TVは、2017年8月24日に開催された統合データベース講習会：AJACS河内から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 仲里 猛留 による「次世代シーケンサー（NGS）解析・基礎編：関連データベース、ツール」をお送りします。約1時間30分です。
本講習では、主に次世代シーケンサー(NGS)解析に必要な基礎知識を概説するとともに、NGSに関連するデータベースやウェブツール(NCBI Sequence Read Archive (SRA)、European Nucleotide Archive (ENA)、DDBJ Sequence Read Archive (DRA)、DBCLS SRAなど)の使い方について実習形式で紹介しています。
講習会で使用したテキスト・資料はこちらからご覧いただけます。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に次世代シーケンサー(NGS)解析に必要な基礎知識を概説するとともに、NGSに関連するデータベースやウェブツール(NCBI Sequence Read Archive (SRA)、European Nucleotide Archive (ENA)、DDBJ Sequence Read Archive (DRA)、DBCLS SRAなど)の使い方について実習形式で紹介しています。
講習会で使用したテキスト・資料はこちらからご覧いただけます。
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見どころダイジェスト
- 12:01 NGSとは?
- 20:50 NGSのデータベース
- 27:01 SRAの検索
- 53:43 SRAへの登録
- 59:34 データ解析概略
- 01:01:22 参考リソース
- 01:07:42 クオリティチェック・トリミング
- 01:13:50 発現解析(mapping)
- 01:17:40 発現解析(de novo)
- 01:20:52 その後の発現解析
- 01:26:27 SNV/Indel解析
- 01:28:53 ChIP-Seq
- 01:29:21 メタゲノム
動画ファイルのダウンロード
171019AJACS66_04_nakazato.mov