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遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方 @ AJACS河内
本日の統合TVは、2017年8月24日に開催された統合データベース講習会：AJACS河内から、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 坊農 秀雅 による「遺伝子発現DBの使い方」をお送りします。約1時間28分です。
本講習では、EBI ArrayExpressやNCBI Gene Expression Omnibus(GEO)を使って興味ある実験データセットを検索する方法や、DBCLS AOEを使ってそれらを絞り込む方法、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、Metascapeを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する方法について実習形式で紹介しています。
講習会で使用したテキスト・資料はこちらからご覧いただけます。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、EBI ArrayExpressやNCBI Gene Expression Omnibus(GEO)を使って興味ある実験データセットを検索する方法や、DBCLS AOEを使ってそれらを絞り込む方法、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、Metascapeを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する方法について実習形式で紹介しています。
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見どころダイジェスト
- 05:10 研究現場で頻繁に使われるDBやツールを知る: 統合TV
- 14:18 公共オミックスDBとは
- 24:34 公共オミックスDBの使い方(EBI ArrayExpress)
- 48:19 公共オミックスDBの使い方(NCBI Gene Expression Omnibus(GEO))
- 51:30 公共オミックスDBの使い方(AOE (All of gene expression))
- 01:00:15 個々の遺伝子の発現プロファイルなどを調べる
- 01:17:34 数十〜数千の遺伝子群の生物学的解釈
動画ファイルのダウンロード
171018AJACS66_03_bono.mov