高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使う 2017

BLAT(The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか(ゲノムランディング(genome landing)といいます)探索するのに用いられています。ここではヒトのGAPDH遺伝子を例として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使う方法を紹介します。
ちなみに、BLATを含むUCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

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171001BLAT.mov

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