遺伝子のRefSeq IDを調べ、そのmRNA、アミノ酸配列を取得する

RefSeqとは、NCBI Reference Sequence Database の略で、配列解析の基準として参照(Reference)するための高品質な遺伝子配列データベースのことです。その配列の多くは核酸配列データベースのDDBJEMBLGenBank由来であり、それらの中からもっとも代表的な配列としてふさわしいものを専門家が選び出し整理、注釈付をされています (About RefSeq)。今回の番組では、このRefSeqデータベースから自分の興味ある遺伝子のRefSeq IDを調べ、そのmRNA配列とアミノ酸配列を取得する方法について説明しています。また、おまけとして、GQuery: Global Cross-database NCBI searchを使ってNCBIデータベースの全エントリ数を調べる方法も最後に紹介しています。

見どころダイジェスト

  • 00:51 1. Gqueryで検索を始める
  • 01:36 2. RefSeqのステータスを確認する
  • 02:14 3. RefSeq IDの記載場所
  • 03:08 4. アミノ酸配列をFASTA形式で保存する
  • 03:55 5. 配列情報をファイルに保存する
  • 04:51 6. Gqueryを使ってNCBIデータベースの全エントリ数を調べる

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170911_RefSeqID.mov

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