Primer-BLASTを使ってプライマーを設計する

Primer BLAST(ぷらいまーブラストと発音します)は、与えられた配列をPCRで増幅するためのPrimer設計ツールです。同様のツールとしてはPrimer3が挙げられますが、Primer BLASTの良いところはエキソン・イントロン境界を挟むよう指定できる点やPrimerの配列特異性をあらかじめ考慮して設計できる点、またその確認が同ツールの中でできる点などがあります。 ここでは、ヒトGAPDHに対するプライマー設計を例として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer BLASTの使い方を紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:45 1. アクセッション番号を入力する
  • 01:47 2. エキソンイントロン境界の設定
  • 02:41 3. プライマーペアの特異性チェック
  • 04:51 4. プライマー設計結果の表示
  • 05:34 5. 片側のプライマーに対応するプライマーの設計方法
  • 06:26 6. すでに設計済のプライマーの特異性を確認する

動画ファイルのダウンロード

170811Primer-blast.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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