2023-01-13本日の統合TVは、2022年12月22日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン14から、大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 安水 良明 氏 による「ブラウザ上でRNA-seqデータを解析する」(講習スライド)をお送りします。
本講習では、バルクRNA-seq下流解析ができるようになることを目的として、ウェブブラウザを用いたバルクRNA-seq解析ツールであるiDEPの使い方をハンズオン形式で講習するとともに、類似ツールであるBioJupiesやRaNA-seqについても紹介しています。また、胸腺腫合併重症筋無力症の実データを用いた解析実例も紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2023-03-01TeX Liveは、電子組版のためのフリーソフトウェアであるTeX に関連するソフトウェアがパッケージされたディストリビューションの一つで、自分のPCでTeXを使用したい場合に利用します。 今回は、Windowsマシンに環境構築が容易なTeX Live 2022 をインストールして、コンパイルを行う方法を紹介します。また、高機能エディターである「Visual Studio Code (VSCode)」を用いて、ローカルな環境でLaTeXを快適に利用するための環境設定の方法について紹介します。サンプルファイルと環境設定に用いる設定ファイルはこちらから取得できます。 ※2023年3月19日にTeX Live 2023がリリースされました。2022版と仕様変更があり、動画で紹介している内容が一部再現できなくなっているのでご注意ください。

2020-12-25本日の統合TVは、2020年12月23日に開催されたInfomics Career 勉強会 からライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「バイオインフォマティクス超入門! 統合TVを使い倒して必要なスキルを身につけよう!」をお送りします。約45分です。
11月にリニューアルされた「統合TV」の機能や使い方を実演を交え紹介します。バイオインフォマティクスを学ぼうとする初学者の方など各人が必要とするバイオインフォマティクスのスキルを身につけるための方法を知り、独習できるようになることを目指します。 講演スライドPDFはこちらからご覧いただけます。

2025-01-29本日の統合TVは、2024年12月23日に開催されたデータ解析講習会：AJACS「シングルセルRNA-seqを知って・学んで・使う」から、大阪大学 蛋白質研究所 飯田 渓太 氏による「scRNA-seqデータを用いた細胞分類入門」(講習スライド)をお送りします。シングルセルRNAシークエンス(scRNA-seq)データを用いた細胞分類の手法の多くは、遺伝子発現量を用いた統計的クラスタリングと文献調査にもとづく遺伝子の機能アノテーションによっています。本講演では、scRNA-seq解析のやさしい導入と、革新的ツールについて紹介します。Q&A
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2024-09-26GSEA softwareは米国Broad Instituteなどによって提供されているGSEAを行うソフトウェアです。Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です(原著論文: Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 doi:10.1073/pnas.0506580102)。これを利用してさまざまな発現プロファイルを解釈することができます。今回は、GSEA softwareの導入と設定方法の解説とともにGREIN（GEO RNA-Seq Experiments Interactive Navigator; 解説動画: GREINを使ってNCBI GEOのRNA-seqデータを分析する）から取得したRNA-seqデータを用いた解析データの準備方法や解析結果の解釈方法などについて紹介します。

2020-01-18iDEP (integrated Differential Expression and Pathway analysis)は、ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行うことができるウェブツールです(原著論文: "iDEP: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq data")。RNA-seqやマイクロアレイ、ChIP-seq実験等で得られた遺伝子発現データ（リードカウントまたはFPKM）を入力として与えると、ヒートマップやPCA、発現差解析、パスウェイ解析、エンリッチメント解析、バイクラスタリング法および共発現ネットワーク解析などの一連のデータ解析をインタラクティブに実行することができます。

2025-02-142025年2月12日に開催されたBio"Pack"athon 2025 #1 から、露崎弘毅氏による「Cell-type Deconvolutionの解説」をお送りします。本講演では、バルクオミックスデータに含まれる細胞型の比率を推定するデータ解析Cell-type Deconvolutionについて、基礎的な解説や最新の研究動向などを紹介しています。 この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。 Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。

• ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
• ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
• ・Bioconductorへの登録サポート

2020-07-16Paperpileは、Google DocsやGoogle Scholarとの連携に重点を置いたWebベースの商用文献管理ソフトウェアです。(30日間無料で試用でき、その後は月額2.99ドルと気軽に利用できます。) 米国Paperpile LLC社が2012年からサービスしています。Paperpileの一部はGoogle Chromeの拡張機能として実装されています。
Paperpileは、学術出版社のウェブサイトやPubMed、Google Scholar、arXivなどのデータベースやプレプリントサーバからデータをワンタッチでインポートすることができます。Paperpileを通じて、論文PDFファイルを取得し、ユーザ自身のGoogle Driveアカウントに保存することができます。また、Google Docsとの連携機能を利用して、収集した論文の書誌情報をもとに引用リストを様々なフォーマットで作成することができます。さらに、Paperpileは、Mendeley、Zotero、Papersといった著名な文献管理ソフトウェアからもデータを移行することができます。

2025-01-31本日の統合TVは、2024年12月23日に開催されたデータ解析講習会：AJACS「シングルセルRNA-seqを知って・学んで・使う」から、理化学研究所 生命医科学研究センター 生命医科学大容量データ技術研究チーム 粕川 雄也 氏による「公共データベースからシングルセルRNA-seqデータを取得する」(講習スライド)をお送りします。シングルセルRNA-seq法は広く使われるようになったことで、実際に実験しなくても公共リポジトリやデータベースから入手できるようになってきました。こうした現状と公共データベースの活用方法について紹介します。Q&A
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2017-08-11Primer BLAST(ぷらいまーブラストと発音します)は、与えられた配列をPCRで増幅するためのPrimer設計ツールです。同様のツールとしてはPrimer3が挙げられますが、Primer BLASTの良いところはエキソン・イントロン境界を挟むよう指定できる点やPrimerの配列特異性をあらかじめ考慮して設計できる点、またその確認が同ツールの中でできる点などがあります。 ここでは、ヒトGAPDHに対するプライマー設計を例として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer BLASTの使い方を紹介します。

2023-12-13本日の統合TVは、2023年9月14日に開催された日本エピジェネティクス研究会リソースセミナーから、衛藤 貫 氏 (熊本大学発生 医学研究所 細胞医学分野) による「RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール」をお送りします。本講演の要旨は以下の通りです。
「RNAシーケンス（RNA-seq）は網羅的な遺伝子発現変動解析（DEG解析）に不可欠なツールである。原著論文で使用されたRNA-seqのデータセットは誰でも再利用できるようにGene Expression Omnibus（GEO）に集約されている。現在、数万以上のデータセットが再解析可能な状態にあり、一般的に利用される組織・細胞株のデータも豊富にあるので、分子生物学の研究を進める上で有益な情報が得られる可能性を秘めている。しかしながら、DEG解析は煩雑で時間も要するために、短時間で再現性のあるデータ解析をするためには情報科学の専門知識が求められる。そこで私は、専門的知識不要で再現性のあるデータ解析が可能となるウェブツール（RNAseqChefと名付けた）を新たに開発した(原著論文: A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane、日本語マニュアル)。RNAseqChefは、RNA-seq解析により得られたカウントデータを自動的に解析・可視化するツールである。RNAseqChefを用いることで、単一のデータセットの解析のみならず、複数のデータセットの統合解析が直感的な操作のみで可能となる。本セミナーでは、具体的にどのような解析ができるか概要と操作方法を説明する予定である。」
本講演動画は、衛藤氏より統合TVにご寄託をいただきました。

2011-07-05MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのフリーのソフトウェアで、Tamura K らによって作成されています。MEGAの特徴は、シークエンサーのファイル（ab1, abi, scfなど）を直接読み込めるため、波形データと配列データを一緒に解析できることです。また、Windows、Mac OS、Linuxとマルチプラットフォームで動作します。 今回は、いくつかの遺伝子（PPARやTP53など）を例として、多重アラインメントの実行と系統樹を作成する方法を説明します。

2024-03-29The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所) と National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、バリアント情報などのデータを集約し、公開しています。
TCGAのデータにアクセスするためのGDC (Genomic Data Commons) Data portalは2024年2月に大規模更新され、この最新バージョンでは、「コホート(対象集団)中心」のワークフローが採用され、ユーザーが独自のケースセットを構築して分析を行うことができます。また、新しい分析ツールも導入されています。

2019-04-02BioRender は生命科学関連のイラストをウェブブラウザ上で描画することができるツールです。さまざまな細胞や組織、実験機器、模式図などイラストテンプレートやアイコンが豊富に用意されており、それらを簡単に編集するだけで、論文誌に投稿可能なレベルの高品質なイラストや模式図を作成することができます。今回は BioRender の無料版を利用して、その使い方や使用感について解説しています。
有料版には下記のようなメリットがあります。(大学・教育機関のメールアドレスで登録すると学生割引価格が利用できるようです。(Is there student pricing?))

• 各種フィルタを利用できる。
• PDF で出力できる。
• 論文投稿可能な解像度、カラーフォーマットで出力できる。
• 図のサイズを変更できる。
• 右下のロゴを削除できる。
• 作成した図を論文誌への原稿に利用できる。

2020-12-17Perseus は、マックス・プランク研究所 (Max Planck Institute of Biochemistry (MPIB))が開発しているソフトウェアで、タンパク質の定量化、相互作用、翻訳後修飾データの解釈において、生物学および生物医学の研究者をサポートします。Perseusには、正規化、パターン認識、時系列解析、クロスオミクス比較、多重仮説検定を網羅した高次元オミックスデータ解析のための統計ツールが含まれています。Perseusを使うことで、マウスとキーボードのみでペプチドやタンパク質同定一覧から発現プロファイルの可視化や統計的な解析を行うことが可能です。Perseusは現段階でWindowsのみで起動します。 今回は、JPOST(https://jpostdb.org/) からダウンロードした「BONCATは植物組織中のタンパク質合成の時間分解解析を可能にする」というプロジェクトのデータ(非天然アミノ酸でラベル化するBONCATという手法で植物組織に熱ストレスを与えた際に起こるタンパク質合成の変化を調べています。)を解析例として、Perseusの基本的な使い方とともに、タンパク質同定一覧の可視化と候補タンパク質を選抜する方法について紹介します。また、動画の途中であった欠損値の説明は「The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data」論文のSupplementary Figure 3で説明されています。
動画の最後に説明しているMaxQuantのYouTubeチャンネル (サマースクールの様子)とPerseusのGoogle Groups (メンバー登録が必要)もあわせてご覧ください。

2020-03-12PyMOL（パイモル: 動画作成時点のバージョンは2.3.4）は、人間の肉眼では見えない生体分子を高品質な3Dイメージとして可視化することができるオープンソースの分子ビューアです。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因んでいます。コンパイル済みの製品を使用する場合は有料化されていますが、教職員もしくは学生は教育目的として登録すれば無料で使うことができます。
一方、最新のソースコードは無償公開されており、自分でソースコードからコンパイルして利用することもできます。(参考記事1: Windows10にPyMOLをインストールする（2018年8月30日版）、参考記事2: macOS/CentOS 7/Ubuntu 18.04へのオープンソース版PyMOLのインストール方法)
今回は、製品版のPyMOLを使って、Macへのインストールとその登録方法、基本操作を解説します。例として用いた3B7E (Neuraminidase of A/Brevig Mission/1/1918 H1N1 strain in complex with zanamivir)は、1918年に流行したスペイン風邪の原因となったH1N1型インフルエンザウイルスの増殖を助ける、ノイラミニダーゼ（NA: Neuraminidase) というタンパク質です。

2025-01-30本日の統合TVは、2024年12月23日に開催されたデータ解析講習会：AJACS「シングルセルRNA-seqを知って・学んで・使う」から、理化学研究所 ⽣命医科学研究センター/京都⼤学 ヒト⽣物学⾼等研究拠点 小口 綾貴子 氏による「遺伝子発現解析だけではない！シングルセルデータを活かしきろう」(講習スライド)をお送りします。5′ シングルセルデータを用いることで、遺伝子発現解析だけでなく、プロモーターやエンハンサーの転写開始点解析が可能です。本講演ではそのノウハウをお伝えします。Q&A
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

2012-11-19ImageJは、NIH(National Institutes of Health)が開発した画像解析フリーウェアです。本ツールを利用して、TIFF・JPEGなど多くの形で保存された画像の編集・解析を行うことができます。今回は、ImageJのダウンロード、およびImageJを利用したゲル写真の半定量を行う方法を説明しています。

2014-05-29Integrative Genomics Viewer (IGV)は、Broad Institute が提供する、Javaアプリケーションで動くゲノムビューワです。染色体とエクソンのデータは "***.genome" というファイルに格納されていて、これは配列データ(FASTAファイル)とともにIGV上で取得することができます。その他にも様々な形式のファイルを同時に表示することができます(対応する拡張子についてはhttp://www.broadinstitute.org/software/igv/FileFormats を参照してください)。必要なファイルが手元にあれば、すべての作業を自分のマシン上で行うことができるので、これらの情報を非常に速く表示することができます。今回は基本編として、ソフトウェアのインストール、アノテーションデータの読み込み、表示の切替、検索、特定の塩基配列の取得など、基本的な操作方法を紹介しています。

2021-05-31RaNA-Seqは、University of Salamancaの研究者により開発されたRNA-seq生データ(FASTQファイル)を入力データとしてウェブブラウザ上でデータ解析ができるクラウドプラットフォームです。(原著論文: RaNA-Seq: interactive RNA-Seq analysis from FASTQ files to functional analysis)
FASTQファイルの定量化、品質チェック、遺伝子発現解析、機能解析による生物学的解釈などの一連のRNA-seqデータ解析を、これらの解析に経験のない利用者のために設計され簡潔なウェブインターフェースで実行することができます。各解析は、入力パラメータを設定してカスタマイズすることができ、それらのプロトコルも共有可能です。解析結果は、インタラクティブなグラフィックとレポートとして表示され、解釈がしやすくなっているほか、論文の図表として出力することも可能です。
今回は、ヒトの培養細胞(コントロール)と H2O2を晒した培養細胞のRNA-seqデータ(Study Accession ID: PRJNA254790)を例として、RaNA-seqの使い方を紹介します。

2020-04-01PubMed (パブメド)は米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理している文献情報データベースで、5000誌を超える世界の雑誌に掲載された生命科学分野の文献を検索することができます。2020年3月末時点でおよそ 3,000万件を超えるの文献情報を提供(PubMedの検索窓で「All[filter]」と入力すると検索時点での全件数が分かります。)しており、その検索数は月間でおよそ7,000 万件という、生命科学分野で最も利用されているウェブサービスの1つです。
この動画では、2019年末に大幅にリニューアルされたPubMedの新インターフェースの基本的な使い方から、自分の探している論文が見つからない場合の対処法や検索結果の保存方法、新着論文の自動取得方法などの便利な機能を紹介します。

2025-02-08本日の統合TVは、2025年1月16日に開催されたデータ解析講習会：AJACS「Hi-C解析を知って・学んで・使う」から、国立遺伝学研究所 東 光一 氏による「Hi-C解析を知る」(講習スライド、Q&A)をお送りします。本講演では、Hi-C解析の原理と染色体高次構造の基礎を解説します。染色体相互作用の研究例や実験手法の概要を示し、Hi-C解析の可能性と課題を理解するための基礎知識を提供します。
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2020-04-23Zoteroは、米国 ジョージ・メイソン大学 Roy Rosenzweig Center for History and New Media (RRCHNM) が開発・公開している、研究論文を収集、整理、引用、共有するのに役立つ無料で使いやすい文献管理ソフトウェア・ウェブツールです。Zoteroのスタンドアロンソフトウェア(本動画作成時点はZotero 5.0)では、PMID (PubMed ID)を入力するだけで、文献書誌情報やオープンアクセスの場合は論文PDFまで自動でインポートすることができたり、タグ付けや関連論文などの管理をすることができます。ウェブブラウザの拡張機能として導入できるZotero Connectorと組み合わせることで、PubMed や Google Scholarなどで論文検索をした際に、ワンクリックで文献書誌情報をZoteroに登録することができます。また、Microsoft Word や Google Docsへの引用・参考文献挿入プラグインが提供されているほか、多数の雑誌の様式に準拠した参考文献リストの出力にも対応しているため、簡単に引用文献リストを原稿中に挿入することができます。

2017-05-11Primer3はPCR用のプライマーを設計するためのツールです。PCR実験成功の可否は、プライマー設計によるところが大きいですが、本ツールはWebブラウザ上で、実験条件に合った様々なパラメータを考慮しながらプライマー設計を行うことが可能です。ここでは例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer3の使い方を説明します。

2024-08-06本日の統合TVは、2024年6月20日に開催されたデータ解析講習会：AJACS「ChatGPT等の生成AIツールを研究活動に活用する注意点を知って・学んで・使う」から、山田 涼太 氏 (fuku株式会社) による「 研究効率化の鍵は生成AI ～文献調査・資料作成を加速するサービス～」(講習スライド)をお送りします。ChatGPTをはじめとする生成AIは、その特性を理解して活用することで、文献調査や資料作成などさまざまな作業を効率化できます。本講習会では、生成AI技術の基礎を振り返るとともに、生成AIツールを賢く使って研究の生産性を高めるノウハウを、fuku株式会社 代表取締役の山田 涼太氏にご紹介いただきました。本講義では、前半では多様なシーンで研究の生産性を高めるAIサービスを広く紹介し、後半では自分だけのツール作りのためのノウハウを紹介します。自分にとって適切な選択肢との出会いの場になれば幸いです。Q&A
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