PSI-BLASTを使って、タンパク質の遠い系統的関連性を発見する 2017

PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)は、BLAST検索の結果を利用して検索を繰り返して行くことで、配列自体の類似度が低くくても機能的に関連している配列を見つけ出すことができる非常に強力な検索方法です。機能未知のアミノ酸配列の機能を推定するために、BLAST検索がよく使われます。しかし、ヒットしてきた配列に有用なアノテーションが付いておらず、機能の推定が難しい場合があります。こんなときに、PSI-BLASTを試してみましょう。PSI-BLASTではBLAST検索でヒットしてきた類似配列から、部位特異的スコア行列(PSSM: Position Specific Scoring Matrix)を作成して類縁のアミノ酸配列を検索します。BLASTでヒットしてきた配列の"特徴"を使ってBLAST検索を行うため、配列自体の類似性が低くても、配列の特徴が類似しているアミノ酸配列を得ることができます。このようにして得られた遠縁のアミノ酸から有用な情報が得られることもあります。

見どころダイジェスト

  • 018 1. PSI-BLASTのイメージ
  • 127 1. PSI-BLASTの実行
  • 256 1. PSI-BLASTのパラメータの指定
  • 342 1. 一回目のBLAST結果
  • 422 1. 二回目のBLAST結果

動画ファイルのダウンロード

170623PSI_BLAST.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

スキル別コースから探す

    新着動画

      視聴ランキング