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【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - トランスクリプトームアセンブリ、発現量推定
本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中～上級) (農学生命情報科学特論II) トランスクリプトームアセンブリ、発現量推定」をお送りします。約5時間57分です。
本講習では、主に
・de novoトランスクリプトームアセンブリ(TrinityとBridger)
・前処理(アダプター除去やトリミング)との組合せによる性能比較
・発現量推定(TIGAR2)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約9.7MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に
・de novoトランスクリプトームアセンブリ(TrinityとBridger)
・前処理(アダプター除去やトリミング)との組合せによる性能比較
・発現量推定(TIGAR2)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約9.7MB)
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見どころダイジェスト
- 09:46 1. 乳酸菌RNA-seqデータ解析のおさらいと問題設定
- 12:57 2. de novoトランスクリプトームアセンブリ～事前準備～
- 17:35 3. de novoトランスクリプトームアセンブリ～FastQC～
- 23:06 4. de novoトランスクリプトームアセンブリ～Rockhopper2おさらい～
- 49:19 5. de novoトランスクリプトームアセンブリ～情報抽出～
- 59:18 6. de novoトランスクリプトームアセンブリ～様々なトリム条件でRockhopper2を実行(トリミング)～
- 01:09:49 7. de novoトランスクリプトームアセンブリ～様々なトリム条件でRockhopper2を実行(fastx-trimmer–f–l)～
- 01:29:43 8. de novoトランスクリプトームアセンブリ～様々なトリム条件でRockhopper2を実行(様々なトリム条件)～
- 02:16:53 9. de novoトランスクリプトームアセンブリ～様々なトリム条件でRockhopper2を実行(様々な基準でアセンブリ結果を評価)～
- 02:34:05 10. de novoトランスクリプトームアセンブリ～様々なトリム条件でRockhopper2を実行(ベストな条件でpaired-endアセンブリを実行)～
- 02:55:56 11. de novoトランスクリプトームアセンブリ～Trinity(解凍)～
- 03:05:08 12. de novoトランスクリプトームアセンブリ～Trinity(インストール)～
- 03:18:22 13. de novoトランスクリプトームアセンブリ～Trinity(実行方法を調べてパスを通す)～
- 03:33:55 14. de novoトランスクリプトームアセンブリ～Trinity(色々試しながら実行)～
- 04:24:47 15. de novoトランスクリプトームアセンブリ～Trinity(apt-get)～
- 04:28:32 16. de novoトランスクリプトームアセンブリ～Bridger～
- 04:43:34 17. 発現量推定～TIGAR2のダウンロード、解凍、動作確認～
- 04:55:04 18. 発現量推定～推奨パイプラインに従って実行～
- 05:24:35 19. 発現量推定～結果の解釈、FPKM (RPKM)値を手計算～
動画ファイルのダウンロード
161025NGS_11_kadota.mov