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【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - クラウド環境との連携、ロングリードデータの解析
本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中～上級) (農学生命情報科学特論II) クラウド環境との連携、ロングリードデータの解析」をお送りします。約5時間54分です。
本講習では、主に
・NGS連載第6回（残り）、ゲノムサイズ推定(KmerGenie)
・配列長によるフィルタリング(Pythonプログラム実行と改変)
・DDBJ Pipeline (VelvetとPlatanus;エアーハンズオン)
・ロングリード(PacBio)データと公共DB
・ファイル形式(sra, FASTQ, bax.h5)、SRA Toolkit、FastQC
・DDBJ Pipeline (HGAP;エアーハンズオン)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約10.3MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に
・NGS連載第6回（残り）、ゲノムサイズ推定(KmerGenie)
・配列長によるフィルタリング(Pythonプログラム実行と改変)
・DDBJ Pipeline (VelvetとPlatanus;エアーハンズオン)
・ロングリード(PacBio)データと公共DB
・ファイル形式(sra, FASTQ, bax.h5)、SRA Toolkit、FastQC
・DDBJ Pipeline (HGAP;エアーハンズオン)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約10.3MB)
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見どころダイジェスト
- 06:25 1. W11：ゲノムサイズ推定(KmerGenieのインストールと利用)～インストール～
- 56:44 2. W11：ゲノムサイズ推定(KmerGenieのインストールと利用)～single-endで実行(結果の解説)～
- 01:36:05 3. W11：ゲノムサイズ推定(KmerGenieのインストールと利用)～paired-endで実行(結果の解説)～
- 02:00:37 4. W12：配列長によるフィルタリング(Pythonプログラムの利用)
- 03:30:00 5. DDBJ Pipeline(W13からW17まではほぼ省略)～W18：k=131でのVelvet実行結果の解析～
- 03:52:18 6. DDBJ Pipeline(W13からW17まではほぼ省略)～W19：Platanusの実行、W20：結果の解析～
- 04:17:15 7. DDBJ Pipeline(W13からW17まではほぼ省略)～W21：ACGTカウント(塩基ごとの出現頻度解析)～
- 04:19:18 8. ロングリード(PacBio)データと公共DB～W2：PacBio生データはbax.h5形式、公共DBはsra形式とFASTQ形式～
- 04:45:42 9. ロングリード(PacBio)データと公共DB～W3：公共DB (DRA)のFASTQファイルを入力としてFastQC～
- 05:01:09 10. ロングリード(PacBio)データと公共DB～W4：NCBI SRA (SRA)が提供するSRA Toolkitのインストール～
- 05:26:07 11. ロングリード(PacBio)データと公共DB～W5：利用(.sra→.fastqへの変換)、W6：FastQC～
- 05:37:41 12. DDBJ PipelineでHGAPを実行
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161024NGS_10_kadota.mov