【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中~上級) - Linux環境でのデータ解析:JavaやRの利用法

本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中~上級) (農学生命情報科学特論II) Linux環境でのデータ解析:JavaやRの利用法」をお送りします。約5時間22分です。
本講習では、主に
・日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回の復習(特にFastQCとFaQCs)
・乳酸菌連載第5回(W13-2まで)
・paired-endファイルのアダプター除去(FaQCs)
・Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)
・Linux環境でのRの利用法(対話モードとバッチモード)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約11.7MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

見どころダイジェスト

  • 05:19 1. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)~まずはFaQCs実行~
  • 16:07 2. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)~おさらい~
  • 49:06 3. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)~FastQCでIllumina adapterの消滅確認~
  • 01:16:19 4. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W2: Javaの確認とダウンロード、GUI版の実行~
  • 01:41:08 5. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W3: Linux Tips (&, ps, kill, and nohup)~
  • 02:08:20 6. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W4: コマンドライン版の実行(paired-end)、クラスパスの設定~
  • 02:37:03 7. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W5: 再実行~
  • 02:54:59 8. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)~W6:コマンドライン版の実行(single-end)~
  • 03:27:40 9. Linux環境でのRの利用法~W7:起動と終了、QuasRパッケージのインストール(エアーハンズオン)~
  • 03:45:16 10. Linux環境でのRの利用法~W8:R基本コマンド~
  • 03:56:01 11. Linux環境でのRの利用法~W9:乳酸菌ゲノム配列取得と基本情報取得(連載第1回の図2)~
  • 04:18:49 12. Linux環境でのRの利用法~W10:source関数、バッチモードでの利用~
  • 04:51:11 13. Linux環境でのRの利用法~W12:バッチモードでの利用の発展形、入力ファイルの絶対パス指定~
  • 05:11:22 14. Linux環境でのRの利用法~W13:gzip圧縮状態での利用~

動画ファイルのダウンロード

161022NGS_08_kadota.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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