【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - トランスクリプトーム解析2

本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第1部 統計解析 (農学生命情報科学特論I) トランスクリプトーム解析2」をお送りします。約4時間33分です。
本講習では、主に
・反復あり3群間比較(TCCによるANOVA的な解析)
・デザイン行列、post-hoc test
・遺伝子間クラスタリング(MBCluster.Seq)
・反復あり3群間比較(EBSeqやbaySeqによる発現パターン分類)
・反復なし3群間比較(TCC)、および結果の解釈
・(データの正規化、TCC正規化を組み合わせた各種解析)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約7.3MB)
解析データ (ZIP: 約0.4MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

見どころダイジェスト

  • 01:52 1. 反復あり3群間比較(TCCによるANOVA的な解析)
  • 40:42 2. デザイン行列、post-hoc test~「G1 vs. G2」~
  • 01:01:05 3. デザイン行列、post-hoc test~「G1 vs. G2」~
  • 01:20:11 4. デザイン行列、post-hoc test~「G1 vs. G3」~
  • 01:36:36 5. デザイン行列、post-hoc test~「G2 vs. G3」~
  • 01:51:36 6. デザイン行列、post-hoc test~コントラストで「G1 vs. G2」と「G1 vs. G3」~
  • 02:00:02 7. デザイン行列、post-hoc test~「Post-hoc testの2群間比較」と「通常の2群間比較」の違い~
  • 02:22:20 8. 遺伝子間クラスタリング~MBCluster.Seq単体での利用~
  • 02:48:20 9. 遺伝子間クラスタリング~「TCC正規化 + MBCluster.Seq」~
  • 02:56:24 10. 遺伝子間クラスタリング~「TCC正規化 + MBCluster.Seq」とTCC発現変動解析の組み合わせ~
  • 03:15:05 11. 反復あり3群間比較(EBSeqやbaySeqによる発現パターン分類)~baySeq~
  • 03:53:01 12. 反復あり3群間比較(EBSeqやbaySeqによる発現パターン分類)~TCC結果を含めてbaySeqの発現パターン分類結果上で議論する~
  • 04:13:39 13. 反復なし3群間比較(TCC)、および結果の解釈

動画ファイルのダウンロード

161017NGS_03_kadota.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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