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【NGSハンズオン2015】NGS解析 - ChIP-seqの基礎実習(初級)
本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、理化学研究所 情報基盤センター 森岡 勝樹 センター研究員による「NGS解析 - ChIP-seqの基礎実習(初級)」をお送りします。約5時間7分です。
講義資料PDF (約2MB)
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この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
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見どころダイジェスト
- 03:59 1. はじめに
- 14:40 2. ChiP-Seq とは
- 23:59 3. ChiP-seq で得られるデータの例
- 25:50 4. ChiP-seq の目的
- 27:09 5. ChiP-Seq データ解析の流れ
- 28:40 6. Peak Call
- 32:10 7. 1. SICER
- 35:24 8. 2. MACS
- 38:41 9. 3. F-Seq
- 43:25 10. Peak call の難しさ
- 45:16 11. Peak call の極意
- 52:09 12. Peak Call 法の種類
- 52:46 13. Peak Call 後の解析
- 54:25 14. HOMER
- 57:08 15. NGS plot
- 59:57 16. galaxy & sratailer
- 01:01:55 17. 本日のデータ
- 01:03:53 18. 実習環境とファイルの準備
- 01:24:30 19. 本日の実習の流れ (suimye/NGS_handson2015 · GitHub)
- 01:36:07 20. 初心者コースの概要
- 01:36:54 21. 今回のデータの取得とクオリティ check
- 01:58:40 22. bowtie2 を使ったゲノムへのマッピング
- 02:14:21 23. データの変換操作とクレンジング (クレンジング、sam から bam ファイルへの変換)
- 02:37:55 24. PCR duplicates について
- 02:50:40 25. データの変換操作とクレンジング (ゲノム上の repeat 領域を除く)
- 03:05:30 26. アライメント後のデータの可視化
- 03:52:33 27. Peak Call に基づくタンパク質-DNA 結合領域の検出
- 04:38:09 28. タンパク質-DNA結合領域 (Peak) の配列解析
- 04:46:50 29. PhysBinder について
- 04:58:00 30. motif discovery analysis について
- 05:03:16 31. Ngsplot の biolinux8 での install と解析
動画ファイルのダウンロード
151117NGS_morioka.mov