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【NGSハンズオン2015】NGS解析 - RNA-seq、カウントデータ取得以降の統計解析
本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「NGS解析 - RNA-seq、カウントデータ取得以降の統計解析」をお送りします。約2時間8分です。
講義資料PDF (約3MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
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見どころダイジェスト
- 01:34 1. クラスタリング
- 02:30 2. クラスタリング〜入力ファイル＆ R を起動〜
- 04:31 3. クラスタリング〜作業ディレクトリの変更＆作業ディレクトリと入力ファイルの確認〜
- 06:32 4. クラスタリング〜コピペで実行、実行結果、出力ファイル〜
- 09:35 5. クラスタリング〜clusterSample 関数〜
- 35:07 6. クラスタリング〜結果の解釈〜
- 39:20 7. 発現変動解析(2 群間比較)〜HS vs. RM〜
- 43:32 8. 発現変動解析(2 群間比較)〜サブセット抽出〜
- 46:28 9. 発現変動解析(2 群間比較)〜FDR〜
- 50:58 10. 発現変動解析(2 群間比較)〜DEG 数の見積もり〜
- 58:17 11. 発現変動解析(2 群間比較)〜樹形図と一致〜
- 01:00:30 12. 発現変動解析(2 群間比較)〜M-A plot〜
- 01:06:25 13. 発現変動解析(2 群間比較)〜DEG 検出結果〜
- 01:18:25 14. Tips: log の世界
- 01:20:47 15. 分布やモデル
- 01:25:21 16. おさらい＆「HS vs. PT」
- 01:27:24 17. 「HS vs. RM」と「HS vs. PT」の比較
- 01:31:33 18. サンプル間類似度
- 01:40:22 19. 2 群間比較(DEG がほとんどない同一群の場合)
- 01:49:45 20. 倍率変化を用いた場合
- 01:57:42 21. 発現変動解析：3 群間比較など
動画ファイルのダウンロード
151116NGS_kadota.mov