SraTailorを使ってChIP-seqデータを簡単に可視化する

SraTailor は、既報のChIP-seqデータを簡単な操作で、半自動的に可視化することができるソフトウェアです。 可視化したいデータのアクセッション番号を入力するだけで、NCBI Sequence Read Archive (SRA)などに代表される公共データベースから生データを取得し、各種計算を経て、IGVで閲覧可能なbigWig形式ファイルに変換する作業を自動化することができます。 SraTailorは、九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野 沖 真弥 助教 により開発・運用されています。沖 助教 によるセミナー「既存のChIP-seqデータを全て可視化する」も統合TVにて公開されています。

見どころダイジェスト

  • 00:42 1. SraTailorのダウンロード・インストール方法
  • 02:47 2. BigWigファイルを作る方法
  • 03:39 3. オプションの解説
  • 05:27 4. 出力されたBigWigファイルをIGVで閲覧する

動画ファイルのダウンロード

150919_SraTailor.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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