MAFFT (「マフト」と読みます) は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。今回紹介するCBRCのMAFFTでは、Jalviewを使ってアラインメントの結果を視覚的に見ることもできます。以前紹介したClustal Omegaに比べ、非常に高速にアライメントできるため、長い配列や、多数の配列のマルチプルアラインメントに優れています。今回は例として、CBRCのサイトに用意されている、LSU rRNAをサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。