aLeavesとMAFFTを使ってアミノ酸配列収集と系統樹推定を行う

aLeavesは、 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター ゲノム資源解析ユニットが提供する、分子系統解析のためのツールです。ある1つのアミノ酸配列を用意するだけで、BLAST検索によって、必要な生物種のアミノ酸配列データベースから類似タンパク質を収集できます。配列は産総研CBRCの提供するMAFFT配列アラインメントサーバに送られ、配列のクラスタリング→取捨選択→アラインメント→系統樹推定→取捨選択→アラインメント...という分子系統解析の一連の作業を簡単に行うことができます。 なお、ここで用意されている系統樹推定法は比較的簡易なNJ法とUPGMAであり、ML法によるより厳密な系統樹解析は、配列ファイルをダウンロードして手元の計算機か他のサービスで行う必要があります。

見どころダイジェスト

  • 00:28 1. aLeaves: BLASTによるmultifastaの取得
  • 02:34 2. aLeaves: 取得したデータの見方とMAFFTへの移行
  • 03:41 3. MAFFT: 配列の取捨選択
  • 05:43 4. MAFFT: 選択した配列のアラインメント
  • 06:18 5. MAFFT: アラインメントをもとにした系統樹推定

動画ファイルのダウンロード

140228aLeaves.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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