UCSC Genome Browserの使い方〜表示+ENCODE編〜 2012

UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は前回作成時(2009年)のアップデート版という位置づけで、2012年最新版の使い方をデータの表示方法を中心に紹介するとともに、最近充実してきているENCODE projectのデータの表示方法について「Open Chromatin」および「Yale TFBS」を例に説明します。

見どころダイジェスト

  • 1. 目的遺伝子の検索と表示(30秒)
  • 02:07 2. 表示させるゲノム領域の移動および拡大、縮小
  • 04:00 3. 表示するデータを追加する
  • 05:04 4. ゲノムのバージョンによる違い
  • 05:44 5. ENCODEのデータを表示する
  • 07:52 6.特定の転写因子の結合サイトを調べる

動画ファイルのダウンロード

120528ucscENCODE.mov

再利用時のライセンス

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