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Local BLAST の使い方〜検索実行・オプション編(MacOSX版)〜 2011
今回の統合TVは、自分のコンピュータ(MacOSX)でBLAST検索を実行する方法を紹介します。現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!
今回はその第二弾、”検索実行・オプション編”としてBLASTプログラムの検索実行やオプションを使っての実行方法について紹介します。
検索実行のコマンドとオプションのコマンド例 (legacy blastとblast +の比較）
| 説明 | legacy blast | blast+ |
|---|---|---|
| フォーマット | formatdb -i データベース名 -p T -o T | makeblastdb -in データベース名 -dbtype prot -hash_index |
| 検索(核酸) | blastall -p blastn -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル | blastn -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル |
| 検索(アミノ酸) | blastall -p blastp -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル | blastp -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル |
| 検索(核酸から翻訳したアミノ酸) | blastall -p tblastx -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル | tblastx -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル |
| 複数のデータベースをまとめて検索 | -blastall -p blastn -d "database1 database2" | blastn -db "database1 database2" |
| 出力アラインメント数 | -b 数字 | -num_alignments 数字 |
| E-valueの閾値を指定 | -e 数字 | -evalue 数字 |
| 低複雑度領域（フィルタ）のマスク | -F F（オフにする） | -seg yes(デフォルトが逆ーオンにする) |
| 検索結果リスト出力数 | -v 数字 | -num_descriptions 数字 |
| タブ区切りテキストで出力 | -m 8 | -outfmt 6 |
| HTML形式で出力 | -T T | test.html -html |
| 使用するCPU数を調節 | -a 2 | -num_threads 2 |
見どころダイジェスト
- 1. アミノ酸配列で検索実行する(8秒)
- 03:19 2. 塩基配列で検索実行する。
- 05:52 3. 塩基配列から翻訳したアミノ酸配列を検索実行する。
- 07:40 4. 出力に含まれるアラインメント数を指定する。
- 08:33 5. 検索結果リストとして出力する数を指定する。
- 08:52 6. E-valueの閾値を指定する。
- 09:27 7. 低複雑度領域のマスクをオンにする。
- 10:20 8. 結果をタブ区切りテキストとして出力する。
- 11:25 9. 結果をHTML形式で出力する。
- 11:59 10. 使用するCPU数を調節する。
- 12:27 11. 複数のデータベースをまとめて検索する。
- 14:23 12. オプションを組み合わせて実行する。
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110608macstandaloneblast2.mov