Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用し発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。GSEA softwareはBroad Instituteによって実装されたGSEAを行うソフトウェアです。前回は、GSEA softwareのGUI版の導入と簡単な解析方法・結果の閲覧方法を解説しました。今回は、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ（GSE1657:Adipocyte Differentiation Homo sapiens]のSeries Matrix Files）を表計算ソフトを使い加工し、GSEA softwareに読み込ませ、解析を行う手順を解説します。