遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010

NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現バンクとして、主にマイクロアレイデータの受け皿となっています。様々な種類の遺伝子発現データを受け入れるため、そのデータ単位がデータセット(研究・目的ごとにまとめられた発現データの集合 (発現データマトリクス))、サンプル(測定に附された生体試料)、プラットフォーム(発現定量のための測定プロトコル)の3種類あることや、実験手法の多様さによって全体のデータの傾向を掴みづらいのも事実です。そこで、この NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み「遺伝子発現バンク(GEO)目次」、通称「GEO目次」国立遺伝学研究所の大久保公策教授らによって開発され、現在DBCLSによって維持されています。今回はその使い方の概略を紹介します。数多く登録されている遺伝子発現データの大まかな傾向をつかむのに役に立つことでしょう。

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