DBAliは、PDBに登録されている立体構造を「MAMMOTH」によって比較した結果が格納されているデータベースです。 任意の二つのタンパク質がどの程度構造が似ているか調べたり、配列の相同性は低くても構造が似ているタンパク質を探したりすることができます。今回は、2004年に取られたウシロドプシン(Bovine Rhodopsin)の立体構造（PDBID:1GZM）を例として検索します。 ただし、2007年にPDBファイルのバージョンが変更されて以降は計算が行われていないため、2007年10月6日以降に登録された立体構造は検索対象外となっています。