PSIBLASTで類縁の配列を調べ倒す

PSI-BLASTは、BLAST検索の結果を利用して検索を繰り返して行くことで、配列自体の類似度が低くくても機能的に関連している配列を見つけ出すことができる非常に強力な検索方法です。機能未知のアミノ酸配列の機能を推定するために、BLAST検索がよく使われます。しかし、ヒットしてきた配列に有用なアノテーションが付いておらず、機能の推定が難しい場合があります。こんなときに、PSI-BLASTを試してみましょう。PSI-BLASTではBLAST検索でヒットしてきた類似配列から、部位特異的スコア行列(PSSM: Position Specific Scoring Matrix)を作成して類縁のアミノ酸配列を検索します。BLASTでヒットしてきた配列の"特徴"を使ってBLAST検索を行うため、配列自体の類似性が低くても、配列の特徴が類似しているアミノ酸配列を得ることができます。このようにして得られた遠縁のアミノ酸から有用な情報が得られることもあります。

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