塩基配列解析およびゲノム編集のためのデータベース・ウェブツール

イベント・講習会の情報

AJACS番町1:塩基配列解析およびゲノム編集のためのデータベース・ウェブツール

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
内藤 雄樹(自己紹介
2018年8月29日 統合データベース講習会 AJACS番町1
JST東京本部(サイエンスプラザ) B1大会議室

講習で紹介するデータベースやウェブツールへのリンクです。

NCBI

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  • NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI BLAST

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  • NCBI BLAST - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST

UCSC BLAT

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UCSCゲノムブラウザ

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統合遺伝子検索GGRNA

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  • 統合遺伝子検索GGRNA – http://GGRNA.dbcls.jp/
  • 統合TVによる解説動画
  • ヒトのnanogを検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
  • Accession番号から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
  • 塩基配列から検索
    • 14bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagattgc
    • 11bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagat
    • 8bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaaga
  • アミノ酸配列から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
  • PCRプライマー検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
  • マイクロアレイのプローブ検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at

高速配列検索GGGenome

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CRISPR設計ウェブサーバCRISPRdirect

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参考:各生物種のゲノム

  • NCBI Genome - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/
  • Ensembl Genomes - http://ensemblgenomes.org/
    • 昆虫はEnsembl Metazoa - http://metazoa.ensembl.org/
    • 植物はEnsembl Plants - http://plants.ensembl.org/

おまけ:研究に役立つウェブツール

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  • 研究者の情報を調べるためのツール

    • 研究成果から
    • 日本の博士論文をさがす CiNii Dissertations - http://ci.nii.ac.jp/d/
    • 特許情報プラットフォーム J-PlatPat - https://www.j-platpat.inpit.go.jp/
    • 研究資金から
    • 科研費採択課題 KAKEN - https://kaken.nii.ac.jp/
    • 日本の研究.com - https://research-er.jp/
    • 本人が発信する情報から
    • researchmap - http://researchmap.jp/
    • Facebook - https://www.facebook.com/
    • Twitter - https://twitter.com/
  • 参考:内藤雄樹 編『今日から使える! データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100』実験医学増刊 2014年12月発行

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