次世代シーケンサー(NGS)解析・基礎編:関連データベース、ツール

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AJACS尾張

次世代シーケンサー(NGS)解析・基礎編:関連データベース、ツール

情報・システム研究機構(ROIS)
データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
仲里 猛留
nakazato@dbcls.rois.ac.jp
twitter: @chalkless

2017年2月1日 AJACS尾張@藤田保健衛生大学


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次世代シーケンサ(とそのデータ)基礎知識

  • 言葉
  • 次世代シーケンサ
  • 次世代シーケンサー
  • 新型シーケンサ
  • New-generation Sequencing (NGS)
  • Next-generation Sequencing (NGS)
  • 他にmassively parallel DNA sequencing とか...
  • 最近は、 High-throughput DNA sequencing (technology) をよく使う印象(略語はNGS)

何が新型/次世代なのか?

  • 90年代
  • ゲル板
  • ポリアクリルアミドゲル電気泳動 + 蛍光標識ダイデオキシヌクレオチド

- DNAシークエンシング - Wikipedia -- 検出も参照

© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 ←クレジットをいれれば、転載・改変・再利用 OK

developments-in-high-throughput-sequencing-july-2016-edition 2016年7月時点でのシーケンサー各社の公称スペックをプロットしたもの (引用: Developments in high throughput sequencing – July 2016 edition, https://flxlexblog.wordpress.com/2016/07/08/developments-in-high-throughput-sequencing-july-2016-edition/ )。

NGSデータの規模

  • 【実習】どのくらいのデータ量になるか考えてみましょう
  • ゲル板:750 (base/lane) × 48/4 lanes = 9kbase
  • キャピラリ:500 (base/lane) × 96 lane = 48kbase
  • 次世代: 36 (base/seq) × 300M seq/run = 10.8Gbase = 10,800,000kbase
  • ↑これらの数字は規模感をつかむだけなので、ざっくりな数字になっています(1 runにかかる時間は比較してないですし)
  • ↑これらの数字は「塩基数」であって、シーケンサの出力である「画像データ」のデータサイズでないことに注意!
  • そして、その画像データはSRAには登録されていない

NGSの利用範囲

  • ゲノム、発現解析、メタゲノム解析、ChIP-Seq(転写因子解析)、SNP解析、...
    • 目的によって必要なデータ量も違う
    • 機器に合った利用を

配布物参照。あとでここにもたしておきます。


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Slides

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