塩基配列解析のためのデータベース・ウェブツールとCRISPRガイドRNA設計

イベント・講習会の情報

塩基配列解析のためのデータベース・ウェブツールとCRISPRガイドRNA設計

ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
内藤 雄樹(自己紹介
2016年8月8日 統合データベース講習会:AJACSこまち

講習で紹介するデータベースやウェブツールへのリンクです。

NCBI

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  • NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI BLAST

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  • NCBI BLAST - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST

UCSC BLAT

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UCSCゲノムブラウザ

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統合遺伝子検索GGRNA

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  • GGRNAトップページ – http://GGRNA.dbcls.jp/
  • 統合TVによる解説動画
  • ヒトのnanogを検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
  • Accession番号から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
  • 塩基配列から検索
    • 14bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagattgc
    • 11bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagat
    • 8bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaaga
  • アミノ酸配列から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
  • PCRプライマー検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
  • マイクロアレイのプローブ検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at

高速配列検索GGGenome

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siRNA設計ウェブサーバsiDirect

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CRISPR設計ウェブサーバCRISPRdirect

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おまけ

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