塩基配列解析のためのデータベース・ウェブツール

イベント・講習会の情報

塩基配列解析のためのデータベース・ウェブツール

ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
内藤 雄樹(自己紹介
2015年9月25日 統合データベース講習会:AJACS伊予

講習で紹介するデータベースやウェブツールへのリンクです。

NCBI Entrez

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  • NCBI Entrez - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI BLAST

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  • NCBI BLAST - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST

UCSC BLAT

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UCSCゲノムブラウザ

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統合遺伝子検索GGRNA

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  • GGRNAトップページ – http://GGRNA.dbcls.jp/
  • 統合TVによる解説動画
  • ヒトのnanogを検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/nanog
  • Accession番号から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/NM_003380
  • 塩基配列から検索
    • 13bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagagattg
    • 10bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaagaga
    • 7bp – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/caagaag
  • アミノ酸配列から検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/SEHPL+MTCQSC
  • PCRプライマー検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/hs/seq%3aagctcattactttatcagtgca+comp%3atgacgtattcactcttctggtt
  • マイクロアレイのプローブ検索 – http://GGRNA.dbcls.jp/1552311_a_at

高速配列検索GGGenome

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  • GGGenomeトップページ – http://GGGenome.dbcls.jp/
  • 統合TVによる解説動画
    • 高速配列検索 GGGenome《ゲゲゲノム》の使い方
  • ミスマッチやギャップを含む検索 – http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/2/TTCACTGACAACATTGAGTA
  • 表計算ソフトで塩基配列検索
  • 検索結果をゲノムブラウザ上に表示
    1. UCSCゲノムブラウザ (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)
    2. 「add custom tracks」ボタン
    3. 「http://GGGenome.dbcls.jp/hg19/(検索したい配列).bed」と入力

siRNA設計ウェブサーバsiDirect

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CRISPR設計WebサーバCRISPRdirect

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おまけ

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