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Allen Brain AtlasのBrain Explorer を使って脳の遺伝子発現状況を3次元で調べる
The Allen Brain Atlasは米国シアトルにあるアレン脳科学研究所(The Allen Institute for Brain Science)内のプロジェクトで、マウスやヒトの脳の遺伝子発現マップを作成し、ゲノミクスと神経解剖学を組み合わせることで脳の統合的な理解を深めることを目的としています。その統合プラットフォームであるAllen Bain Map では、各種データやツールが提供されているほか、プロジェクトの一覧が見ることができます。Allen Brain Atlasは発生過程や成熟した脳の空間情報と遺伝子発現をまとめたデータベースで、マウス、ヒト、霊長類などについてまとめられています。これらのデータはBrain Explorerというビューアを使って、3次元で表示することができます。
今回はデスクトップ版Brain Explorerを用いて、マウスとヒトの脳遺伝子発現について3次元マップを構築する方法と複数のデータを同時に確認する方法、Web版Brain Explorerの起動の仕方を紹介します。
今回はデスクトップ版Brain Explorerを用いて、マウスとヒトの脳遺伝子発現について3次元マップを構築する方法と複数のデータを同時に確認する方法、Web版Brain Explorerの起動の仕方を紹介します。
見どころダイジェスト
- 01:29 1. Allen Brain AtlasのホームページからBrain Explorer をダウンロードする
- 02:16 2. Mouse Brain Atlasから描画する遺伝子を選定する
- 03:55 3. Brain Explorerを起動し、マウス脳の3次元遺伝子発現プロファイルを表示する
- 05:42 4. Human Brain Atlasから描画する遺伝子を選定する
- 06:14 5. Brain Explorerを起動し、ヒト脳の3次元遺伝子発現プロファイルを表示する
- 07:06 7. Web版 Brain Explorerを用いて描画する神経結合性データをMouse Connectivity Atlasから選択する
- 07:40 8. Web版 Brain Explorerを起動し、マウス脳の特定の部位に結合している神経細胞を表示する
動画ファイルのダウンロード
200331_BrainExplorer.mov