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遺伝子発現DBをはじめとした公共オミックスDBの使い方 @ AJACS浜松
本日の統合TVは、2018年1月16-17日に開催された統合データベース講習会:AJACS浜松から、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 坊農 秀雅 による「遺伝子発現DBをはじめとした公共オミックスDBの使い方」をお送りします。約1時間55分です。
本講習では、EBI ArrayExpressやNCBI Gene Expression Omnibus(GEO)を使って興味ある実験データセットを検索する方法や、DBCLS AOEを使ってそれらを絞り込む方法、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、Metascapeを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する方法について実習形式で紹介しています。
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、EBI ArrayExpressやNCBI Gene Expression Omnibus(GEO)を使って興味ある実験データセットを検索する方法や、DBCLS AOEを使ってそれらを絞り込む方法、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法、Metascapeを用いて発現データの結果を生物学的に解釈する方法について実習形式で紹介しています。
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見どころダイジェスト
- 06:54 1. 研究現場で頻繁に使われるDBやツールを知る: 統合TV
- 09:46 2. 公共オミックスDBとは
- 25:02 3. 公共オミックスDBの使い方
- 26:17 3-1. 【実習1】ArrayExpressを使って、興味ある実験データセットを検索する
- 42:40 3-2. NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)～
- 44:28 3-3. 【実習2】AOE(All of gene expression)を使って、興味ある実験データセットを絞り込む
- 54:04 4. 個々の遺伝子の発現プロファイルなどを調べる
- 58:40 4-1. 【実習3】RefExを使って、組織特異的遺伝子を検索する
- 01:12:08 4-2. 【応用1】ChIP-Atlasを使って注目の遺伝子がコードされたゲノム領域にあるChIP-seqピークを検索する
- 01:26:11 5. 数十～数千の遺伝子群の生物学的解釈
- 01:31:18 5-1. 【実習4】metascapeを用いて、発現データの結果を生物学的に解釈する
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180118_AJACS68_03_bono.mov