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【NGSハンズオン2017】NGS解析(初〜中級) Hi-C解析
本日の統合TVは、2017年8月28日(月) ～ 9月2日(金)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成29年度 NGSハンズオン講習会 から、国立遺伝学研究所 東 光一 氏 による「NGS解析(初〜中級) Hi-C解析」をお送りします。約4時間15分です。
本講習では、主にChromosome Conformation Capture 実験で生成されたデータの情報解析について講習を行う予定です。ヒトゲノムを対象としたHi-Cデータを用いて、マッピング、フィルタリング、コンタクトマップ生成、正規化処理、染色体三次元構造再構成など、各種ツールやPythonスクリプトなどを用いて行う方法を中心にハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約12MB)
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会 実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主にChromosome Conformation Capture 実験で生成されたデータの情報解析について講習を行う予定です。ヒトゲノムを対象としたHi-Cデータを用いて、マッピング、フィルタリング、コンタクトマップ生成、正規化処理、染色体三次元構造再構成など、各種ツールやPythonスクリプトなどを用いて行う方法を中心にハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約12MB)
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見どころダイジェスト
- 06:59 1. 実習
- 14:01 2. Hi-C解析とは～Chromosome Conformation Capture の原理～
- 37:59 3. Hi-C解析とは～Hi-Cで何がわかるか？コンタクトマップの見方～
- 01:22:40 4. Hi-C解析の流れ(実習と並行)～Hi-C解析のツール～
- 01:34:58 5. Hi-C解析の流れ(実習と並行)～マッピング～
- 02:17:56 6. Hi-C解析の流れ(実習と並行)～フィルタリング～
- 02:36:22 7. Hi-C解析の流れ(実習と並行)～正規化～
- 03:13:56 8. Hi-C解析の流れ(実習と並行)～ピーク検出、TAD検出など～
- 03:38:41 9. Hi-C解析の流れ(実習と並行)～3D構造モデリング～
動画ファイルのダウンロード
171207_NGS07_higashi.mov