【NGSハンズオン2017】NGS解析(初～中級) ゲノムアセンブリ後の各種解析（後半）

この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/5Qs55wNHdOY

2017.12.02

04:41:11

作者: TogoTV

編集: TogoTV

本日の統合TVは、2017年8月28日(月) ～ 9月2日(金)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム平成29年度 NGSハンズオン講習会から、東京大学大学院農学生命科学研究科門田幸二特任准教授による「NGS解析(初～中級) ゲノムアセンブリ後の各種解析（後半）」をお送りします。約4時間41分です。
本講習では、主に日本乳酸菌学会誌の連載「次世代シーケンサーデータの解析手法」第7回（のウェブ資料W10）及び第8回の内容を中心に講習会用にアレンジし、ハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約14MB)
この動画と講習資料が同時に見られる「講習会実習資料(AJACS)」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

28:00 1. 8月29日の続き-環状化(ゲノム解読のfinishing作業の一部)～W16-2：トリム後の配列～
17:58 2. 環状化(ゲノム解読のfinishing作業の一部)～W17：両端切断後のコンティグに対し、クオリティスコア分布やdotterを再度実行して確認～
32:40 3.W4：ゲノムアノテーション(DFAST)
48:38 4.W5：dotterの実行(sequence4)
56:33 5.W6：Blastの実行(DB配列はLH_hgap.fa、query配列はsequence1)
01:02:49 6.W7：BlastViewerでBlast実行結果を眺める(W7-4まで)
01:20:51 7.W7：lessとgrepでも確認(W7-6まで)
01:56:38 8.W8：Blast実行結果のsequence1 vs. sequence4を眺める
02:36:46 9.W9～W10：sequence1を詳細に調べる(Blastとアノテーション結果を併用)
02:46:57 10.W11：乳酸菌ゲノム概要配列の作成
02:51:43 11.この後の展開(第8回のW12以降と第9-10回の概要)
03:12:27 12.W3：シェルスクリプト