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NCBIの構造系ツールを使ってタンパク質の関連情報を調べる
米国 国立生物工学情報センター(National Center for Biotechnology Information: NCBI)では、NCBI Structure Groupというタンパク質の立体構造やタンパク質に保存されているドメインの確認、また同様のドメインを持っている物質の検索などに利用できるツール群を提供しています。これらのツール群は大きく分けてMolecular Modeling Database (MMDB)、Conserved Domain Database (CDD)、PubChem、BioSystemsの4つであり、相互に連携しています。今回の統合TVでは、ドーパミンD3受容体(Dopamine receptor D3)を例に、NCBIの構造系ツール群の使い方を解説します。
見どころダイジェスト
- 01:32 1. MMDB
- 02:29 2. VAST+(Vector alignment Search Tool Plus)
- 05:38 3. CDD (Conserved Domain Database)
- 06:26 4. PubChem
- 06:54 5. BioSystems
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170914_NCBI_StructureGroup.mov