UCSC Gene Sorterは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。UCSC Gene Sorterは、興味のある遺伝子周辺もしくは遺伝子同士の関連性について、UCSC Genome Browserが持つさまざまなデータを使って文字通り「ソート」することによって容易に検索することができるツールです。最近のアップデートで、GTExプロジェクトで測定された正常組織の発現プロファイルデータを利用できるようになっており利便性が向上しています。関連性のある遺伝子をリストアップした後、それらの遺伝子に関するIDや配列をまとめて取得することができます。今回は、心筋で特異的に発現する遺伝子TNNT2(Troponin T2, cardiac type)を例にして使い方を説明しています。
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。