NCBI GEO（Gene Expression Omnibus; 「ジオ」あるいは「ゲオ」と発音します）はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
今回は、目的のマイクロアレイ実験データセットを検索し生データをダウンロードする方法および、プラットフォームの登録実験数が多すぎるときの対処法について説明しています。