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【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - Linux環境でのデータ解析:マッピング、トリミング、アセンブリ
本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中～上級) (農学生命情報科学特論II) Linux環境でのデータ解析：マッピング、トリミング、アセンブリ」をお送りします。約5時間53分です。
本講習では、主に
・NGS連載第5回（残り）、第6回（W10-6まで）
・RパッケージQuasRを用いたRNA-seqデータのマッピング
・末端塩基のトリミング（Biostringsとfastx_trimmer）
・トリミング前後のde novoアセンブルとマッピング結果の評価
・Illumina MiSeqデータの特徴と前処理（FastQCとFaQCs）
・de novoゲノムアセンブリ(Velvet)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約11.9MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に
・NGS連載第5回（残り）、第6回（W10-6まで）
・RパッケージQuasRを用いたRNA-seqデータのマッピング
・末端塩基のトリミング（Biostringsとfastx_trimmer）
・トリミング前後のde novoアセンブルとマッピング結果の評価
・Illumina MiSeqデータの特徴と前処理（FastQCとFaQCs）
・de novoゲノムアセンブリ(Velvet)
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約11.9MB)
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見どころダイジェスト
- 05:28 1. Illumina HiSeqデータ(トランスクリプトーム)の乳酸菌ゲノムへのマッピング～W14：QuasRパッケージを用いたマッピングの事前準備と本番～
- 55:18 2. Illumina HiSeqデータ(トランスクリプトーム)の乳酸菌ゲノムへのマッピング～W15：結果の解説、forward側の100-107bp付近に問題があることを特定～
- 01:25:25 3. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行～W16：問題のある領域(forward側の100-107bp)のトリミング～
- 01:46:58 4. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行～W17：トリム後のデータでアセンブリを再実行(Rockhopper2; クラスパス設定関連Tips含む)～
- 02:34:06 5. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行～W18：トリム後のデータでマッピングを再実行(QuasR)～
- 02:49:09 6. トリミング、de novoトランスクリプトームアセンブリとマッピングの再実行～W19：トリム前のデータでクオリティチェックを再実行(FastQC)～
- 03:24:07 7. Illumina MiSeqデータ(乳酸菌ゲノム)の特徴と前処理～W4：FastQC～
- 03:42:40 8. Illumina MiSeqデータ(乳酸菌ゲノム)の特徴と前処理～W5：FaQCs～
- 03:58:23 9. Illumina MiSeqデータ(乳酸菌ゲノム)の特徴と前処理～W6：再度FastQC～
- 04:11:40 10. de novoゲノムアセンブリ～W7：Bio-LinuxにプレインストールされているVelvet (ver. 1.2.09)を上限のk=31で実行～
- 04:43:19 11. de novoゲノムアセンブリ～W8：k=31のアセンブリ結果をRで確認。k=141で実行し、k=31の結果と同じになるのを確認～
- 04:56:46 12. de novoゲノムアセンブリ～W9：Velvet (ver. 1.2.10)のインストール～
- 05:24:26 13. de novoゲノムアセンブリ～W10：Velvet (ver. 1.2.10)の実行～
動画ファイルのダウンロード
161023NGS_09_kadota.mov