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【NGSハンズオン2016】第3部 NGS解析 (中～上級) - Linux環境でのデータ解析:JavaやRの利用法
本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第3部 NGS解析 (中～上級) (農学生命情報科学特論II) Linux環境でのデータ解析：JavaやRの利用法」をお送りします。約5時間22分です。
本講習では、主に
・日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回の復習（特にFastQCとFaQCs）
・乳酸菌連載第5回（W13-2まで）
・paired-endファイルのアダプター除去(FaQCs)
・Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)
・Linux環境でのRの利用法（対話モードとバッチモード）
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約11.7MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に
・日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回の復習（特にFastQCとFaQCs）
・乳酸菌連載第5回（W13-2まで）
・paired-endファイルのアダプター除去(FaQCs)
・Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)
・Linux環境でのRの利用法（対話モードとバッチモード）
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約11.7MB)
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見どころダイジェスト
- 05:19 1. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)～まずはFaQCs実行～
- 16:07 2. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)～おさらい～
- 49:06 3. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回までの復習(特にFastQCとFaQCs)～FastQCでIllumina adapterの消滅確認～
- 01:16:19 4. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)～W2: Javaの確認とダウンロード、GUI版の実行～
- 01:41:08 5. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)～W3: Linux Tips (&, ps, kill, and nohup)～
- 02:08:20 6. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)～W4: コマンドライン版の実行(paired-end)、クラスパスの設定～
- 02:37:03 7. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)～W5: 再実行～
- 02:54:59 8. Javaプログラムの設定と実行(Rockhopper2)～W6：コマンドライン版の実行(single-end)～
- 03:27:40 9. Linux環境でのRの利用法～W7：起動と終了、QuasRパッケージのインストール(エアーハンズオン)～
- 03:45:16 10. Linux環境でのRの利用法～W8：R基本コマンド～
- 03:56:01 11. Linux環境でのRの利用法～W9：乳酸菌ゲノム配列取得と基本情報取得(連載第1回の図2)～
- 04:18:49 12. Linux環境でのRの利用法～W10：source関数、バッチモードでの利用～
- 04:51:11 13. Linux環境でのRの利用法～W12：バッチモードでの利用の発展形、入力ファイルの絶対パス指定～
- 05:11:22 14. Linux環境でのRの利用法～W13：gzip圧縮状態での利用～
動画ファイルのダウンロード
161022NGS_08_kadota.mov